AI 論文工具全流程：找文獻、讀 PDF、管理引用、潤稿與科研製圖

AI 研究工具最容易令人誤會的地方，是每個產品都示範自己最順的一小段：一個圖顯示相關論文、一個聊天框數秒總結 PDF、一個按鈕改寫英文、一個模板畫出漂亮機制圖。真正寫論文時，這些小段之間有大量責任不能消失：研究問題由誰界定、文獻是否找齊、DOI 是否真實、摘要有沒有讀錯、論證是否超出證據、圖表能否投稿，以及 AI 使用是否需要披露。

最安全的做法不是尋找「一個包辦全部的神器」，而是把工具放進有輸入、輸出和人工關卡的流程。本文採用八個階段：定題 → 找種子文獻 → 擴展網絡 → 管理書目 → 讀全文 → 建矩陣 → 寫與改 → 製圖及終檢。每一階段只交給 AI 它擅長的工作，並保留可重建的證據。

若你仍在建立搜尋規格，可先參考AI 精準找資料與來源驗證教學；若研究會跨多輪協作、提示修訂和審批，則可配合AI 輔助研究生命週期與三角驗證指南建立證據日誌。

媒體披露：本文的封面、6 張步驟圖、2 張影片海報和 2 段預覽影片，全部是經清理的重製操作示意，只使用虛構題名、虛構 DOI、虛構數據和中性介面；它們不是任何來源影片的截圖或片段，也不代表某個真實研究結果。畫面沒有原作者、帳戶、人物、社交平台或推廣身份。產品介面、方案、配額和授權會更新，請以 2026 年 7 月 22 日後你實際帳戶及第一方文件為準。

先建立工具地圖：每一件工具只負責一種研究風險

研究工具可分為五類。第一類是學術資料庫，負責可重複的檢索與書目資料；第二類是文獻網絡工具，協助由已知論文發現相似、被引或引用研究；第三類是參考文獻管理器，保存書目、PDF、標籤和引用；第四類是 PDF 閱讀與語言工具，協助定位、比較和編輯；第五類是製圖工具，將已驗證資料或概念轉成圖表。一般聊天模型可以橫跨多類，但它不是這些系統的責任替代品。

步驟一：先寫研究規格，再開任何工具

一個可以檢索的問題至少要有研究對象、情境、主要概念、比較、結果和時間。並非每個題目都要硬套同一框架，但你必須能回答：甚麼研究算相關，甚麼不算；「成效」「使用」「風險」等詞的操作定義是甚麼；你要找實證結果、理論、方法、政策還是市場資料。

先開一份研究日誌，記下問題 v0.1、日期、資料庫、語言、地區、年份、文獻類型、納入／排除和停止條件。問題變動時不要覆蓋舊版，而是寫 v0.2 及原因。這個習慣令你之後能解釋為何某篇被納入，也能發現 AI 是否偷偷擴大了範圍。

你是文獻檢索規劃員。現在只設計檢索，不要替我寫答案。

研究問題：［一句可回答的問題］
地區／情境：［司法管轄區、行業、研究場景］
時間範圍：［年份］
研究類型：［系統綜述、實證研究、方法論、政策文件等］
納入：［對象、介入、比較、結果、語言］
排除：［不相關族群、非研究文章、無全文等］

請輸出：
1. 核心概念、同義詞、縮寫及英文字詞；
2. 至少 5 條由寬至窄的檢索式；
3. 建議資料庫和每個資料庫的用途；
4. 先找哪 3–5 篇種子文獻，以及應核對哪些書目欄位；
5. 納入／排除表格欄位；
6. 可能遺漏、偏差和停止條件。

不要虛構文獻、DOI、期刊、作者或數據。找不到時請寫「待查」，並說明下一個合法驗證步驟。

研究規格的快速驗收

• 問題能否由可觀察證據回答，而不是只問「好不好」？
• 資料年份和地區是否符合決策情境？
• 納入／排除條件是否可由第二位研究者理解？
• 有沒有預先決定灰色文獻、預印本、會議論文和非英語文獻的處理？
• 敏感資料是否已移除，工具是否獲機構批准？
• 甚麼情況會停止、擴大或收窄搜尋？

步驟二：找 3–5 篇種子文獻，再擴展引用網絡

種子文獻不是「最出名的文章」，而是題名、摘要和方法確實接近你的問題，而且書目可核對。先從圖書館資料庫、學科索引、官方期刊頁或已知綜述找到少量種子；核對完整題名、作者次序、年份、期刊、卷期、頁碼、DOI、文件類型與是否有修訂或撤回。

ResearchRabbit 官方方案頁在本文核對日列出 Free Forever 層級可無限搜尋和建立 library／collections，並可由最多 50 篇種子文章開始；其免費層級指南亦列出引用、參考和相似文章瀏覽。這不表示所有大型綜述都能免費完成，也不表示搜尋結果完整；方案和限制會更新。

Connected Papers 官方方法頁明確說明圖上的距離代表按共被引與書目耦合計算的相似度，即使兩篇文章沒有直接互引也可以很接近。它不是引用樹。官方方案頁在核對日列出免費層級每月 5 個 graph；不要把這個數字錯套到其他產品，亦不要把固定配額寫成永久事實。

每次點開候選文獻都問四條問題

1. 它為何出現：關鍵字、直接引用、被引、相似度，還是工具推薦？
2. 它是否真正研究同一對象、情境和結果？
3. 它是原始研究、綜述、社論、勘誤、預印本還是重複版本？
4. 有沒有 DOI、期刊原頁、資料庫紀錄或機構典藏可交叉核對？

步驟三：在 Zotero 或 Mendeley 做書目清洗，不要只按 Save

參考文獻管理器的價值，是把來源、PDF、標籤、筆記和引用連在一起；最危險的誤解，是以為匯入即代表正確。網頁 metadata 可以把副題截斷、作者名字次序倒轉、年份寫成網頁更新年、會議論文當期刊文章，或者同一 DOI 出現多個版本。

Zotero 官方同步文件把 data syncing 與 file syncing 分開：書目、註記、連結等資料同步免費而且不計附件容量；附件可使用 Zotero Storage 或 WebDAV。不要向讀者保證「所有雲端附件永久無限免費」。Mendeley 官方功能頁則列出 PDF 匯入、註釋、整理、協作和 Mendeley Cite；實際院校支援與方案仍要核對。

每篇文獻的 90 秒清洗

1. 以期刊或出版社頁核對題名、作者次序和年份。
2. 貼上 DOI 後重新解析，確認不是勘誤、評論或補充材料的 DOI。
3. 把文件類型設對：journal article、conference paper、report、thesis 各有不同欄位。
4. 確認 PDF 是最終版、作者接受稿還是預印本，保留版本標籤。
5. 加入納入狀態、主題、方法和待核對標籤；不要只靠資料夾。
6. 執行 duplicate 檢查，合併前比較附件、筆記和 citation key。
7. 匯出一份 BibTeX／RIS 或本機備份，測試另一部裝置能否恢復。

步驟四：用 PDF 問答定位證據，但逐頁確認

PDF 工具最適合處理「在哪裏」和「按固定欄位抽取」，例如找研究問題、樣本、方法、主要結果、限制和頁碼。ChatPDF 官方頁強調可用 clickable citations 回到 PDF 位置；SciSpace 官方文獻回顧指南列出搜尋、篩選、分析、整理及匯出；Scholarcy 官方功能頁列出結構化摘要、flashcards 和 matrix export。這些都是供應商能力說明，不是獨立準確度保證。

請只根據我提供的這一份文件建立閱讀紀錄，不要加入外部知識。

逐項輸出：
1. 研究問題與作者明示的假設；
2. 樣本、地點、年份、納入／排除條件；
3. 研究設計、量度、比較組與分析方法；
4. 三項主要結果，保留單位、分母、置信區間或不確定性；
5. 作者承認的限制；
6. 你另外發現但必須由我判斷的風險；
7. 每一項的頁碼、章節、表格或圖號；
8. 不能從文件確定的內容。

規則：不要把相關性寫成因果；不要補寫看不到的表格；不要生成新的參考文獻。完成後等我逐頁核對。

四種常見錯讀

• 摘要代替結果：摘要把多個結果簡化，沒有交代不顯著分析或分組差異。
• 相關變因變成因果：橫斷面或觀察研究被寫成介入造成結果。
• 表格註腳消失：模型讀到數字，卻漏掉調整模型、排除樣本、單位或缺失值。
• 引用文獻當本文結論：引言引用別人研究，工具錯當成本文自行證明。

掃描檔、雙欄排版、公式、附錄、圖片化表格和非拉丁字體要格外小心。若工具讀不到，應用合法 OCR、找可存取版本或人工摘錄，並在矩陣標示「未由 AI 讀取」；不要要求模型補完。

步驟五：建立文獻矩陣，把閱讀變成比較

讀完 30 篇摘要不等於完成文獻回顧。線性筆記會令你只記得最近讀的文章，也難以比較樣本、方法和限制。文獻矩陣把每篇研究放在一列，以同一組欄位比較；當欄位填不出來時，往往正是全文未讀清楚或研究沒有報告。

每篇文獻一列，欄位如下：
文獻 ID｜完整題名｜年份｜DOI／永久連結｜研究問題｜理論框架｜地區／樣本｜研究設計｜主要變項｜主要結果｜限制｜與本研究的關係｜證據頁碼｜核對狀態｜納入／排除理由｜備註

矩陣可以加入「證據頁碼」和「核對狀態」兩欄，限制 LLM 只能使用已人工確認的內容。建議狀態至少分為：候選、已取得全文、初讀、已核對、排除、待第二人覆核。排除的文章不要刪除，保留理由，避免之後重複判斷。

由矩陣找研究缺口的正確方法

缺口不是「沒有人研究過」這句宣傳，而是有證據的比較結果。例如多數研究只在大型機構、短期間或單一語言進行；量度定義互不相同；某個理論只在一類樣本測試；關鍵結果只由低品質設計支持。把缺口寫成「現有證據在哪些條件下不足」，比要求 AI 隨機發明新題目可靠。

步驟六：由已核對矩陣寫論證，不讓 AI 創造引用

寫作前先分開三層：來源直接報告的事實、你從多篇研究作出的綜合、你給讀者的建議。AI 可以協助提綱和轉折，但輸入應是文獻 ID 與已核對欄位，而不是一句「幫我寫文獻回顧」。

你是論文結構編輯，不是資料來源。

我會提供已人工核對的文獻矩陣。請只使用矩陣內標示「已核對」的資料，為［章節名稱］建立論證提綱。

每一段輸出：
- 段落功能；
- 可支持的主張；
- 對應文獻 ID；
- 需要保留的限制或反例；
- 尚欠證據的句子，標示為「不可寫成事實」。

禁止：虛構引文、DOI、頁碼、統計結果、直接引語或作者意圖。若兩篇研究矛盾，並列方法、樣本、期間和定義差異，不要自行平均。

每完成一段，做反向核對：把段落拆成最小主張，逐句問哪一篇、哪一頁、哪一個結果支持。若一句需要三篇文獻才成立，確定三篇真的獨立，而不是都引用同一數據。若研究矛盾，保留研究設計、樣本、期間、定義和不確定性的差別；不要讓模型以流暢句子抹平。

語言編輯與「降重」的界線

Paperpal 官方方案頁在核對日列出語法、研究與引用、PDF chat、抄襲及投稿檢查等不同功能；具體用量與方案會變。可用這類工具改善句子清晰度、術語一致和期刊格式，但不可把改寫當成隱藏抄襲、假裝由人獨立完成或規避 AI 偵測的方法。

Turnitin 的官方教師指南明確說 AI writing report 不應單獨提供定論，而應只是結合教師對學生、作品和機構政策的一個資料點。因此文章不會承諾某個改寫器可以「降低至某百分比」；負責任做法是保留草稿、筆記、來源、版本和披露。

步驟七：科研製圖先做規格，再選工具

圖表的第一問題不是「用哪個 AI 畫得靚」，而是讀者要比較甚麼。數值圖先固定資料版本、單位、分母、缺失值、誤差、不確定性和排序；概念圖先固定節點定義、箭咀語義和證據來源。可先用 Mermaid、HTML、程式碼或 Excalidraw 草擬，再用適合期刊的軟件重畫及輸出。

請把以下已核對資料轉成一份「製圖規格」，暫時不要生成最終圖片。

受眾：［期刊讀者／簡報觀眾］
目的：［比較、流程、關係、時間趨勢］
資料：［貼上匿名或可公開的已驗證數值］

請輸出：
1. 最合適圖表類型及不用其他圖表的理由；
2. x 軸、y 軸、單位、分母、排序、圖例；
3. 必須顯示的不確定性、缺失值和樣本量；
4. 色盲友善與黑白列印要求；
5. 圖說草稿、資料來源和版本日期；
6. 可能誤導讀者的設計選擇。

不要改動數值，不要補零，不要推算未提供的資料。

如果使用 BioRender，投稿前必須查帳戶的出版權。BioRender 官方授權頁指出部分 Basic、免費、試用或教育層級不包括期刊 publication rights；合資格方案可下載 publication licence。其引用指南亦說明如何在圖說加入指定 citation。保存可編輯源檔、下載日期、授權和圖說版本。

圖表逐項驗收

• 圖中每個數值可回到資料列或文獻頁碼。
• 軸由零開始是否適當；若截斷，是否清楚標示。
• 樣本量、誤差線、置信區間和缺失值是否可見。
• 顏色在色盲、黑白列印和投影下仍可分辨。
• 字體、線寬和圖例在期刊最終尺寸仍可讀。
• 圖示、相片、地圖、字體和平台素材有合法授權。
• 圖說交代資料來源、處理、縮寫和限制。

步驟八：最終安全與研究誠信閘

ICMJE 的 AI 出版指引指出人類要對 AI 協助內容的準確、完整、偏差、引用、權限與抄襲負責；AI 不可列作作者，使用情況要按期刊政策透明披露。指引亦提醒，提交稿件屬保密通訊，把內容上載到不能保證保密的 AI 系統可能違反責任。

NIST 生成式 AI 風險管理框架把自信地生成錯誤或虛假內容稱為 confabulation，並特別指出模型亦可生成看似合理但虛假的引用。因此最終核對不能只看語句是否自然；每個 DOI、題名、數據和直接引語都要回第一方頁面。

提交前 18 項清單

1. 研究問題和納入條件與完成版本一致。
2. 檢索日期、資料庫、檢索式和語言已保存。
3. 每個重大主張可回到一篇或多篇真實文獻。
4. DOI、題名、作者次序、年份和期刊已核對。
5. 預印本、接受稿與最終版沒有被當成同一版本。
6. 撤回、勘誤和更新已查。
7. 直接引語有頁碼，沒有超出合理引用。
8. 摘要沒有代替方法與結果全文。
9. 相關性沒有寫成因果。
10. 不顯著結果與限制沒有被刪除。
11. 矛盾研究已按方法、樣本和定義解釋。
12. 表格及圖片數值可回到原始資料。
13. 圖像和字體有授權，出版 licence 已保存。
14. 機密、個人或受限制資料沒有送到未批准工具。
15. AI 生成或編輯範圍按院校及期刊要求披露。
16. AI 沒有列作作者或被引用為資料來源。
17. 第二位人員已抽查高風險主張與媒體。
18. 提交檔、來源庫、矩陣與版本紀錄已備份。

三種實用節奏：30 分鐘、半日與完整綜述

30 分鐘：判斷一個題目值不值得深入

用 5 分鐘寫問題與排除，10 分鐘在資料庫找 3 篇種子，5 分鐘核對 DOI，5 分鐘以網絡工具找相似研究，最後 5 分鐘記錄未知數。成果不是文獻回顧，而是一頁可行性筆記。

半日：建立提案用證據包

先完成 10–20 篇候選的書目清洗，全文快速篩選後，為 6–10 篇核心研究填矩陣。用 PDF 工具定位方法和限制，再人工核對。最後產生問題樹、證據缺口和下一輪檢索式，不急於寫漂亮結論。

完整綜述：按方法規範工作

正式系統或範疇綜述需要遵循學科與期刊方法、預先登記、完整檢索、雙人篩選、偏差評估和報告指引。本文工具流程只可支援重複工作，不能自動令研究符合某個綜述標準。研究團隊應由方法專家和圖書館員參與。

最常見的失敗模式與修正

總結：AI 工具的價值，是縮短機械工作而不縮短證據鏈

一套好的 AI 論文流程不會令研究者「不用讀文獻」，而是更快找到該讀的文獻、更一致地抽取欄位、更容易比較差異，以及更早發現缺口。研究問題、納入決定、方法解讀、論證、引用、授權和披露必須保留人類責任。只要每個結果都有來源、頁碼、版本和核對狀態，工具更新時你仍能重建研究；反過來，即使今天的介面再方便，沒有證據鏈的流暢文章仍不適合提交。